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1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，在凤凰山留下一个工作站，该站隶属关系几经变更，1972年经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别，并具有法人资格。云南天文台的定位及中长期发展规划为：依托我国西南地区得天独厚的天文观测优势，以丽江观测站和抚仙湖观测站的观测设备为核心，大力推进地面大型天文观测设备的立项及建设，依托两站积极开展国际前沿问题的观测研究；将云南天文台打造成在国际上有重要影响力的、国内不可或缺的中国南方天文观测和研究集群。